Fue creada durante la Gran Guerra del Norte a instancias del zar Pedro el Grande, quien en 1702 y 1703 ordenó que fueran construidos en Lodéinoye Pole los primeros barcos para la Flota del Báltico.
Su cuartel general está en Kaliningrado, con su base principal en Baltiisk, y otra base en Kronstadt, en el golfo de Finlandia. La flota es la formación más antigua de la Marina de Rusia.
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