Sin embargo, luego de muchas preparaciones y casi un mes de reuniones, la Conferencia no pudo lograr un acuerdo sobre los principios y alcances del Tratado. La adopción del documento final debía ser aprobada por consenso, lo que generó mayores dificultades a la hora de las negociaciones finales. Principalmente, fueron los Estados Unidos, seguidos por Rusia y China, quienes sostuvieron que la cuestión debería continuar siendo evaluada por sus gobiernos para eventualmente lograr un Tratado internacional más efectivo. El objetivo de la Conferencia era lograr un Tratado, vinculante para los Estados, que establezca un sistema de transparencia en materia de comercio internacional de armas mediante la elaboración de informes anuales sobre la transferencia de armas y la realización de conferencias periódicas en donde los Estados puedan cuestionar las transferencias dudosas.

Cabe destacar aquí quiénes son los principales afectados por esta temática. La Federación Rusa es el segundo mayor comerciante de armas a nivel mundial, después de Estados Unidos, quién abarca el 40% del mercado total. Los cinco miembros permanentes del Consejo de Seguridad de la ONU juntos (Estados Unidos, la Federación Rusa, China, Francia y el Reino Unido) representan alrededor del 80% del comercio de armas del mundo, siendo, junto con Alemania, los mayores exportadores de armas en el mundo; mientras que los principales importadores de armamentos son Arabia Saudita, China, India, Egipto, Pakistán, Emiratos Árabes Unidos, Israel y Siria.

Inicialmente, este Tratado apuntaba a reducir la posibilidad de que los armamentos caigan en manos de redes ilegales que puedan utilizar los mismos para delitos transnacionales tales como el narcotráfico, la trata de personas o el terrorismo, sin embargo, algunos países luego pidieron ampliar el alcance del mismo para regular el comercio interestatal de armamentos. En este sentido, la Conferencia suscitó diversos debates en torno al alcance y a la eventual aplicación del Tratado de Armas. En primer lugar, se debatió si el Tratado debía alcanzar la regulación del comercio de municiones; y, en segundo lugar, si se debían incluir restricciones a la venta de armamentos a países en donde se produzcan graves violaciones a los Derechos Humanos o que no respeten el Derecho Internacional Humanitario.

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Respecto al primer eje de debate, fue la ONG Oxfam la que comenzó una campaña para intentar incluir la mayor cantidad posible de material bélico dentro del Tratado, incluyendo no sólo las municiones sino también las armas ligeras (aunque ya son objeto de otros tratados internacionales). Muchos Estados, entre los que se contaban todos los Africanos menos Egipto y Etiopía, insistieron por incluir estas cuestiones dentro del documento, señalando que las municiones son la clave principal de muchos conflictos, ya que sin ellas las armas no funcionan. Sin embargo, países como Estados Unidos, Irán, China e India, sotuvieron que no se deberían tener en cuenta debido a las complicaciones que presentaría el control efectivo de sus ventas dada la cantidad de unidades que se comercian por día.

El segundo debate fue el que generó mayores tensiones. Tanto los países europeos, como algunas ONGs, encabezadas por Amnistía Internacional, pidieron por la inclusión de restricciones al comercio interestatal de armamentos en base a criterios de respeto a los Derechos Humanos por parte de los respectivos gobiernos. Sin embargo, la postura de Rusia, acompañada por China y más radicalmente por países como Cuba, Siria, Irán, Corea del Norte, Argelia y Egipto, sostenía que los criterios humanitarios podrían llegar a ser aplicados de manera selectiva por lo que este Tratado debía limitarse a combatir el tráfico ilegal de armamentos. La relevancia de esta discusión aumentó debido a la actual crisis en Siria, quien es uno de los principales compradores de armas de la Federación Rusa, además de Venezuela, India, Argelia y Sudán.

América Latina, por su parte, no es una región que se caracterice por su relevancia en el comercio internacional de armas. Sin embargo, en los últimos años hubo una cierta tendencia de los países de la región a aumentar sus gastos en Defensa, particularmente en América del Sur. Aunque los países latinoamericanos estuvieron divididos en sus posiciones frente a las negociaciones por el Tratado, se destacó la postura de Venezuela y de Cuba, seguida por Brasil, quienes sostuvieron que este tipo de tratados podría afectar directamente a su seguridad nacional y a sus pretensiones de armarse o incluso de avanzar en materia de desarrollo tecnológico.

A pesar de todos estos debates y discusiones que terminaron por sellar el fracaso de las reuniones, el Presidente de la Conferencia, el argentino Roberto García Moritán, señaló que la adopción de un acuerdo sobre el comercio de armas es inevitable debido a la necesidad que existe en el actual sistema y se mostró confiado en que los Estados podrán seguir avanzando en las negociaciones hasta lograr el consenso. La conferencia finalizó entonces  aplazando las expectativas hasta antes de fin de año, en donde se prevé una nueva votación respecto a este tema en el seno de las reuniones de la Asamblea General de Naciones Unidas.